Para estos sindicalistas, la Guerra Civil abre un paréntesis que les obliga a ejercer una lucha doble, en sus puestos de trabajo y en las barricadas, y se cierra con una derrota que obliga a miles de ellos a cruzar la frontera para terminar siendo internados en campos de concentración (como le sucedería al propio Largo Caballero). En el año 1939 son incautados los bienes acumulados por los Sindicatos obreros y comienza la larga noche de la dictadura franquista. El nuevo régimen reprime a las Organizaciones populares y a sus integrantes. Comienzan los juicios sumarísimos contra los que permanecen en la Península. Besteiro es encarcelado y muere en prisión. Los que escapan a las iras franquistas intentan organizarse en núcleos de resistencia que dieron lugar al nacimiento de los “maquis", grupos guerrilleros que combatieron en las montañas a lo largo de la década de los cuarenta.

Durante este paréntesis, sin embargo, los ugetistas que quedan en el interior comienzan a actuar en misiones de información, seguridad y socorro; los que han conseguido escapar intentarían mantener un mínimo de Organización en Toulouse, sur de Francia.

En los años de la dictadura, UGT se dedica, desde su sede de Toulouse, a parar, con el apoyo de la CIOSL (Confederación Internacional de Organizaciones Sindicales Libres, a la que pertenece y de la que es miembro fundador), el reconocimiento internacional de los "sindicatos verticales" creados por el régimen franquista, a conseguir apoyo y solidaridad de los trabajadores de otras tierras para los esfuerzos de los españoles en sus acciones de protesta o conatos de huelga y a dar publicidad a estos hechos.

También será tarea importante la de propagar en el exterior la información sobre actos de represión del Gobierno franquista. En diciembre de 1959, con motivo de la visita a España del entonces presidente de Estados Unidos, Dwight Eisenhower, UGT edita en Toulouse una carta de los presos políticos españoles al mandatario norteamericano. En el periodo que abarca de 1944 hasta 1973, UGT celebra 12 Congresos en el exilio.

Mientras tanto, en el interior del país se suceden los intentos de mantener algún núcleo de acción, que terminan casi siempre en su disolución por la policía. Así ocurre en el año 1942. En 1944 se elige una Comisión Ejecutiva provisional, presidida por Gómez Egde, cuyos miembros son detenidos al año siguiente, con solicitud de penas de muerte y treinta años para los dirigentes regionales. Se elige una nueva Ejecutiva que preside Eduardo Villegas. En 1946 muere en París Largo Caballero. En ese mismo año se celebra el II Congreso de UGT en el exilio y en medio de una gran tensión se informa de la muerte de varios compañeros encargados de tareas de organización y enlace con el interior, así como de la captura y muerte de algunos delegados a este Congreso.

En Madrid son procesados y condenados los miembros de la segunda Ejecutiva, que preside Villegas. En el año 1947 UGT llama a la huelga en el País Vasco contra los bajos salarios y contra la dictadura franquista. El resultado de éstas y otras acciones es difícil de evaluar por falta de datos que contrasten la información proporcionada por los interesados, pero las cárceles se llenaban con cada acción, y ello es significativo. En 1951 un comando franquista asalta y destruye las oficinas de UGT en Toulouse y en 1953 Tomás Centeno, presidente de UGT, muere torturado en los sótanos de la Dirección General de Seguridad de Madrid.